Bên cạnh những tiện ích to lớn của máy ATM, trên thực tế, việc sử dụng máy ATM cũng gây ra những nguy cơ nhất định về sức khỏe, Theo một số nghiên cứu thì máy ATM chứa một lượng vi khuẩn có thể gây bệnh cho con người tương đương với các nhà vệ sinh công cộng vì, các máy ATM trên có khoảng hàng trăm người sử dụng mỗi ngày, theo nghiên cứu phát hiện máy ATM đều chứa vi khuẩn pseudomonad, khuẩn hình que là những vi khuẩn gây ra chứng nôn mửa và bệnh tiêu chảy.[153] Bên cạnh đó cũng có những trường hợp máy ATM bị rò rỉ điện, gây ra tai nạn chết người[154][155][156]

Cũng có nhiều ý kiến than phiền (thậm chí là kiện tụng) vì tiền trong tài khoản bị mất, nhầm lẫn, thiếu sót, trục trặc... khi sử dụng máy ATM.[157][158][159]